納豆菌（図1,図2）は、1906年に沢村真農学博士によって発見され、【Bacillus natto Sawamura】と名づけられました。その後、1968年に医薬品製造承認、1990年動物用医薬品承認、1996年飼料添加物許可が取得され、近年健康食品として利用されるようになり注目されています。
納豆菌は、日本古来の糸引き納豆、ネパールのキネマ（Kinema）、タイのトウアナオ（Thuanao）など無塩発酵大豆食品を作り出す菌です。厳密な意味での腸内常在菌ではなく、いわゆる枯草菌の一種で、内生胞子（芽胞）を持つ、自然界で最も安定した菌種です。
納豆菌は腸内で活性化し、種々の生理作用を現して各動物が本来保有している有益菌叢(乳酸菌、ビフィズス菌など)を増強、安定化します。その結果、当然病原菌や腐敗菌などの有害菌は排除されます。また、抗菌作用が強く、BacilipinやSubtilin等の抗菌性物質を産生することも知られています。その他近年納豆菌の抗ガン作用や免疫機能増強作用も報告されています。